In de verste uithoeken van de wereld bestaat nog steeds magie, belichaamd door geesten van het land, van de lucht en van alle natuurlijke dingen. Naarmate de grote mogendheden van Europa hun koloniale rijken steeds verder uitstrekken, zullen ze onvermijdelijk aanspraak maken op een plek waar geesten nog steeds de macht hebben - en als ze dat doen, zal het land zelf terugvechten naast de eilandbewoners die daar wonen.

Spirit Island is een complex en thematisch coöperatief spel over het verdedigen van je thuisland tegen koloniserende Invaders. Spelers zijn verschillende geesten van het land, elk met zijn eigen unieke elementaire krachten. Elke beurt kiezen spelers tegelijkertijd welke van hun krachtkaarten ze willen spelen, en betalen daarvoor energie. Het gebruik van combinaties van krachtkaarten die overeenkomen met de elementaire affiniteiten van een geest, kan gratis bonuseffecten opleveren. Snellere krachten treden onmiddellijk in werking, voordat de Invaders zich verspreiden en verwoesten, maar andere magie is langzamer en vereist vooruitziendheid en planning om effectief te gebruiken. In de Spirit-fase krijgen geesten energie en kiezen ze hoe/of ze willen groeien: gebruikte krachtkaarten terugwinnen, nieuwe kracht zoeken of aanwezigheid verspreiden naar nieuwe delen van het eiland.

De Invaders breiden zich op een semi-voorspelbare manier uit over de eilandkaart. Elke beurt verkennen ze een aantal landen (delen van het eiland); de volgende beurt bouwen ze in die landen en vormen ze nederzettingen en steden. De beurt daarna verwoesten ze daar, brengen bacterievuur over het land en vallen alle aanwezige inheemse eilandbewoners aan.

De eilandbewoners vechten terug tegen de Indringers wanneer ze worden aangevallen, en verlenen de geesten wat andere hulp, maar doen dit misschien niet altijd precies zoals je had gehoopt. Sommige mogendheden werken door de eilandbewoners heen en helpen hen (bijv.) de indringers te verdrijven of het land van de plaag te zuiveren.

Het spel escaleert naarmate het vordert: geesten verspreiden hun aanwezigheid naar nieuwe delen van het eiland en gaan op zoek naar nieuwe en krachtigere krachten, terwijl de Invaders hun kolonisatie-inspanningen opvoeren. Elke beurt vertegenwoordigt 1-3 jaar alternatieve geschiedenis.

Aan het begin van het spel moet je voor winnen elke laatste nederzetting en stad op het bord vernietigen - maar naarmate je de Invaders meer en meer bang maakt, wordt de overwinning gemakkelijker: ze zullen wegrennen, zelfs als er nog een aantal nederzettingen of steden overblijven. Een nederlaag komt als een geest wordt vernietigd, als het eiland wordt overspoeld door plaag, of als het Invader-deck is uitgeput voordat de overwinning wordt behaald.

Het spel bevat verschillende tegenstanders om tegen te vechten (bijvoorbeeld: een Zweedse mijnkolonie of een afgelegen Britse kolonie). Elke verandering speelt op verschillende manieren en biedt een ander pad van moeilijkheidsgraden om het spel uitdagend te houden naarmate je vaardigheid wint.