In het jaar 1972 voltooide SAGA (The Space and Aeronautics Global Alliance) met succes de allereerste hyperspace-reis naar Mars. Maar het feest werd afgebroken toen de bemanning van de Mercury 3-raket het raam voor hun terugkeer miste en een explosie het schip beschadigde. Nu moeten jullie samenwerken om de raket en de bemanning veilig thuis te brengen.
Mission Control: Critical Orbit is een asymmetrisch, coöperatief, rollend en schrijvend, realtime reddingsavontuur. Eén speler neemt de rol van Aethernaut Flight Commander op zich, en maximaal 3 spelers nemen de rol van Flight Controller op zich. Elk van de Controller-spelers heeft unieke taken waarmee ze hulpmiddelen verdienen die de Aethernaut-speler nodig heeft om zuurstof en kritieke systemen in de beschadigde raket te herstellen. Als de Aethernaut een pad met polyomino's kan bouwen voordat de timer van 20 minuten afloopt, win jij! Maar als je geen tijd meer hebt, krijgt het schip een catastrofale storing waardoor de Mercury 3-raket in een baan om de aarde ontploft... en iedereen verliest